La présidence de la Cour administrative fédérale est assurée par le président. Il exerce l'autorité hiérarchique sur les juges, ainsi que l'autorité hiérarchique et administrative sur le personnel non judiciaire de la Cour. Le président est suppléé à ce titre par la vice-présidente. En outre, il exerce également les fonctions de juge et il préside une chambre de cassation - actuellement la 7e chambre. En cette qualité, il est sur un pied d’égalité avec les autres juges, c'est-à-dire sans aucune autorité sur ces derniers. Une autre fonction du président consiste à entretenir des relations avec d’autres juridictions et organisations judiciaires tant en Allemagne qu'à l'étranger.
La présidence de la Cour administrative fédérale est assurée par Prof. Dr. Andreas Korbmacher.
Il est né en 1960 à Fribourg-en-Brisgau. Après avoir achevé sa formation de juriste, il a commencé sa carrière de juge en 1988 au Tribunal régional de Berlin. En janvier 1990, il a rejoint le Tribunal administratif de Berlin. Cette même année, l’université Freie Universität Berlin lui a décerné le titre de docteur en droit. Il a ensuite été détaché à la Cour constitutionnelle du Land de Berlin, où il a exercé les fonctions de collaborateur scientifique, ainsi qu'au Département de la Justice du Sénat de Berlin. En janvier 2003, il a été nommé juge au Tribunal administratif supérieur de Berlin (aujourd’hui Tribunal administratif supérieur de Berlin et de Brandebourg), avant d'y devenir président de chambre en mai 2005.
Après sa nomination aux fonctions de juge à la Cour administrative fédérale en novembre 2008, Andreas Korbmacher a intégré la 9e chambre de cassation qui est compétente pour les procédures relatives au droit de l'aménagement du territoire concernant la construction des grandes routes fédérales et pour la législation relative aux taxes communales. Depuis mai 2017, il est chargé de la présidence de la 7e chambre de cassation, compétente, en particulier, pour les affaires relatives à la protection de l'environnement, y compris la protection contre les nuisances environnementales. D'août 2021 à janvier 2023, il a également été chargé de la présidence de la 10e chambre de cassation qui est compétente pour le droit relatif à la liberté d'information.
À côté de l'activité de juge, Prof. Dr. Korbmacher est professeur honoraire à l'université Technische Universität Berlin depuis 2007.
La vice-présidente de la Cour administrative fédérale assure la représentation permanente du président.
La vice-présidente est Dr. Susanne Rublack.
Elle est née en 1962 à Constance et elle a étudié le droit à l’Université de Hambourg. En 1993, l’université Freie Universität Berlin lui a attribué le titre de docteur en droit. Mme Rublack a commencé sa carrière professionnelle au bureau du correspondant à la protection des données du Land de Schleswig-Holstein où elle a été nommée Verwaltungsdirektorin en 2001. En 2002, elle a été détachée auprès du Tribunal administratif de Schleswig et nommée juge au tribunal administratif en 2004. Des détachements ont ensuite eu lieu en tant que collaboratrice scientifique auprès de la Cour constitutionnelle fédérale et auprès du Tribunal administratif supérieur de Schleswig. Elle y a exercé les fonctions de juge au tribunal administratif supérieur depuis 2010.
En février 2015, elle a été nommée juge à la Cour administrative fédérale et a intégré la 8e chambre de cassation qui est notamment compétente pour le droit public économique et le droit relatif à la restitution de biens expropriés. En outre, de février 2015 à octobre 2019, elle a été membre de la 10e chambre de cassation compétente, entre autres, pour le droit communal. Entre les mois d’août et de décembre 2020, elle a également intégré la 7e chambre de cassation, qui, à l’époque, était principalement compétente pour le droit des chemins de fer et pour le droit de la protection de l’environnement, et la 10e chambre de cassation.
Depuis février 2023, elle est présidente de la 10e chambre de cassation compétente, outre le droit relatif à la liberté d’information, pour le droit de la protection de la nature et du paysage ainsi que pour d’autres domaines du droit de l’environnement.